中亚生态与环境研究中心为非法人研究单元，依托中科院新疆生地所组织管理，院属8个研究所和中亚合作方为成员单位。理事会由中国科学院主管领导、国际合作局、科学发展促进局、条件保障与财务局、新疆生地所及院内联合方代表共同组成，成员共15人。中心科学委员会由中科院相关理事单位和哈萨克斯坦农业部土壤与农化研究所、哈萨克斯坦林业研究所、水稻研究所、吉尔吉斯坦科学院地质研究所等中亚国立科研机构院长、院士组成，成员共25人。

中亚生态与环境研究中心哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦分中心中外方联合主任各一名组成中心管理层，共同负责中心日常工作。

中亚中心面向上海合作组织和丝绸之路经济带建设对科技合作战略需求，开展我国与中亚国家自然资源开发和生态环境保护科学和技术的联合研究，重点围绕气候与环境演变、水土资源和现代农业、矿产资源和生物资源、地缘经济和区域发展、生态修复与环境治理、交通物流和信息技术等方面的互惠合作研究，与合作理事单位建立了7个研究团队，为中亚国家培养一支高水平的科技人才队伍，建立具备野外实验观测、室内实验分析、卫星遥感监测以及技术试验示范四位一体的研究平台，为上合组织以及丝绸之路建设科技合作提供基础平台。

n  中亚生态系统研究团队（生地所、深圳院、寒旱所）

n  中亚水循环研究团队（南湖所、寒旱所）

n  中亚构造变形及环境变化研究团队（青藏所）

n  中亚气候演变研究团队（地环所、地质所）

n  中亚污染治理研究团队（生态中心、生地所）

n  中亚可持续发展研究团队（地理所、遥感所）

n  中亚矿产资源研究团队（地质所、生地所）